在植物（如蘋果,、荔枝,、菠菜、馬鈴薯,、豆類,、茶葉,、桑葉,、煙草等）組織中，PPO是與內(nèi)囊體膜結(jié)合在一起的,，天然狀態(tài)無活性,，但將組織勻漿或損傷后PPO被活化，從而表現(xiàn)出活性,。在果蔬細(xì)胞組織中,，PPO存在的位置因原料的種類、品種及成熟度的不同而有差異,，綠葉中PPO活性大部分存在于葉綠體內(nèi)[7],；馬鈴薯塊莖中幾乎所有的亞細(xì)胞部分都含有PPO，含量大約與蛋白質(zhì)部分相同[8],；在茶葉中的PPO分為游離態(tài)和束縛態(tài),，前者主要存在于細(xì)胞液中屬可溶態(tài)PPO，而后者則主要存在于葉綠體,、線粒體等細(xì)胞器中,，與這些細(xì)胞器的膜系統(tǒng)或其他特異部位結(jié)合呈不溶態(tài)[9]，ThanarajS.N.（1990）研究了茶樹新梢中PPO活性及多酚含量對紅茶品質(zhì)的影響,，發(fā)現(xiàn)PPO活性強(qiáng),，多酚含量高，對紅茶品質(zhì)有利,，則利于綠茶的生產(chǎn)[10],；新鮮的蘋果中，多酚氧化酶幾乎全部存在于葉綠體和線粒體中,。從這兩部分分別制備的PPO,，其底物專一性稍有差異[11]。劉乾剛認(rèn)為,，PPO在細(xì)胞內(nèi)除了存在于葉綠體及線粒體上外,，細(xì)胞壁也可能存在PPO，且對發(fā)酵產(chǎn)生影響,，細(xì)胞只要輕微破損便有PPO的作用,。多酚氧化酶是一種質(zhì)體酶，有些研究人員認(rèn)為多酚氧化酶可能僅存在于質(zhì)體中[12],，缺乏質(zhì)體的組織就不存在多酚氧化酶,，例如篩管和篩胞等，有質(zhì)體的組織也可能沒有多酚氧化酶,，如C4植物葉,。含有質(zhì)體的植物組織不一定都存在多酚氧化酶,，而多酚氧化酶一定在含有質(zhì)體的植物組織中。

隨分子生物學(xué)的發(fā)展,，象西紅柿、蘋果等的多酚氧化酶的基因已被克隆,。浙江大學(xué)趙東等[12]對茶樹多酚氧化酶的克隆及其序列進(jìn)行了比較,。從已經(jīng)克隆的多酚氧化酶的基因看，均屬于基因家族,，多則6-7個(gè)基因,。這些基因的表達(dá)具有時(shí)空差異和組織特異性（PPO在幼齡組織中表達(dá)，在成熟組織中不表達(dá)）,，表明多酚氧化酶的基因在植物中所起的作用不同,。高等植物組織發(fā)生褐變主要是PPO作用的結(jié)果，PPO催化多酚氧化為醌,，醌聚合并與細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的氨基酸反應(yīng),，結(jié)果產(chǎn)生黑色素沉淀。