檢測技術(shù)服務(wù):體內(nèi)磷酸化位點(diǎn)鑒定--檢測技術(shù)服務(wù)詳情

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體內(nèi)磷酸化的過程就是在激酶的催化作用下,，將三磷酸腺苷（ATP）的磷酸根基團(tuán)轉(zhuǎn)移到蛋白的氨基酸側(cè)鏈上,，ATP隨之變?yōu)槎姿嵯佘眨ˋDP）。磷酸化修飾可以發(fā)生在多種氨基酸殘基上，主要集中在肽鏈中的酪氨酸,、絲氨酸,、蘇氨酸殘基上,，這些殘基上具有游離的羥基,，且本身不帶電荷，當(dāng)磷酸化作用后,，蛋白質(zhì)便具有了電荷,，從而使結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，引起蛋白質(zhì)活性的變化,。

體內(nèi)磷酸化位點(diǎn)鑒定主要通過質(zhì)譜法進(jìn)行檢測分析,，即通過特定的步驟（如抗體富集,、金屬富集和凝集素富集等）獲得富集的修飾肽段，進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析,。在一次質(zhì)譜鑒定中可以可靠地鑒定數(shù)千種被修飾的多肽,。對體內(nèi)磷酸化位點(diǎn)的定位識別仍然較為武斷，對于某些修飾位點(diǎn)的鑒定可能并不可靠,。質(zhì)譜檢測所得出的實(shí)際質(zhì)譜圖在處理過程中需要考慮的因素更為復(fù)雜，如質(zhì)譜中的噪音信號,、磷酸化修飾中未修飾片段的中性丟失以及具有相同質(zhì)荷比的修飾后的氨基酸與非修飾氨基酸的區(qū)別等,。

在處理磷酸化蛋白質(zhì)樣品質(zhì)譜數(shù)據(jù)時，有必要對修飾位點(diǎn)進(jìn)行假陽性率（false discovery rate,，F(xiàn)DR）的控制,。對于肽段磷酸位點(diǎn)鑒定來說，可使用質(zhì)量可靠性算法評估磷酸化位點(diǎn)可信度,，這種算法主要包括基于概率對鑒定質(zhì)量打分（如建立數(shù)據(jù)模型）和基于假陽性率（如Target-Decoy算法）進(jìn)行計(jì)算,。對于蛋白磷酸化修飾而言，錯誤定位率（false localization rate,，F(xiàn)LR）沒有較好的實(shí)現(xiàn)方法,，通常是通過合成肽段來評估，或者是針對僅包含一個修飾位點(diǎn)的肽段才有較好的效果,。目前,，可通過位點(diǎn)定位軟件試圖評估某個給定峰匹配到特定位點(diǎn)的概率，如A-Score算法等,；或通過計(jì)算兩個修飾位點(diǎn)間的搜索引擎給的打分差值進(jìn)行評估,。在選擇這些算法的過程中，要綜合考慮質(zhì)譜平臺檢測的類型,、搜庫算法與軟件的便捷性,，從而為后續(xù)的分析提供較為可靠的磷酸化位點(diǎn)。

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百泰派克生物科技-生物藥物表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商
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